新农合住院报销比例在三级甲等医院是30%的比例。

1、门诊报销比例：门诊（卫生所）就诊报销比例为60%，而医院的级别越高则报销比例越低。

2、住院报销比例：镇卫生院报销60%，三级甲等医院则报销30%。

3、大病报销比例：一级医疗机构住院费用在400元以下，不设起付线。而省三级医院报销比例提高到了55%。肺癌等近12种疾病，新农合补助最高达到70%。新农合不予报销的情况：1、低于规定的最低报销金额的不再报销。2、没有在规定时间内进行报销的也将不予报销。3、凡购买养生类药品将不予报销。具体类目以医保药物目录为准。

4、没有在制定医疗机构就医的将不予报销。

5、没有医院的批准私自转院治疗的将不予报销。

6、特殊事故所产生的医疗费用也将不予报销。